Le intolleranze alimentari o allergie croniche, oggetto di studio da parte dell'Ecologia Clinica, rappresentano un argomento per molti sconosciuto e spesso sottovalutato. Esse rappresentano una reazione indesiderata ad un certo alimento, in cui non è possibile dimostrare un coinvolgimento del sistema immunitario. Le reazioni tossico-intolleranti agli alimenti e alle sostanze chimiche si possono presentare in forma "mascherata"; spesso accade, cioè, di essere intolleranti ad un alimento che si assume quotidianamente ed i disturbi che ne derivano, essendo cronici, non vengono notati. In alcuni casi, addirittura, si può avvertire una sensazione di temporaneo benessere in seguito all’assunzione dell’alimento in questione. In altre parole il mascheramento è la riduzione o la scomparsa dei sintomi che si verifica dopo l'assunzione del cibo al quale si è intolleranti; all'opposto, l'astensione da quel cibo causa una vera e propria sindrome da astinenza, cui segue il ripresentarsi dei sintomi cronici, spesso in una forma acuta. Il malessere può durare anche 3-4 giorni, il tempo necessario affinché l'organismo elimini nuovamente le tossine alimentari.
Le intolleranze alimentari possono presentarsi sin dall'età dello svezzamento, ma di solito si sviluppano come risultato di ripetute assunzioni del cibo in questione. Una volta che si è instaurata l'intolleranza alimentare e/o chimica, ogni assunzione, pur se intervallata da periodi di astinenza, darà una reazione istantanea e poco piacevole; nel caso in cui, nonostante il malessere, si continui ad assumere l'alimento con regolarità, l'organismo è in grado di adattarsi ad esso (si instaura una sorta di meccanismo di assuefazione) si sente meglio ed è quindi incosciamente portato ad assumerlo in dosi sempre più frequenti.
Oltre ai disturbi che si sovrappongono alle sindromi tipicamente allergiche, quali asma, congiuntivite, eczema, orticaria e rinite, sorprendentemente sono state ricondotte ad intolleranze alimentari anche alcune forme delle seguenti patologie: nevrosi, labilità d'umore, crisi di irascibilità, cefalee (emicranie, nevralgie), vertigini, ipertensione, tachicardia, obesità, ulcere gastroduodenali, colite ulcerosa, sindrome del colon irritabile, costipazione, diarrea, afte, cistiti croniche e acne.